Z veseljem sporočamo, da sta člana Laboratorija za inteligentne sisteme, asist. dr. Lucija Brezočnik in prof. dr. Vili Podgorelec, v sodelovanju s sodelavkama z Medicinske fakultete UM in NLZOH, asist. Tanjo Žlender in prof. dr. Majo Rupnik, objavila članek v vodilni reviji s področja raziskav okolja in vodnih virov, Water Research (IF 12.4). Objavljeno delo z naslovom MicrobiomePrime: A primer pair selection tool for microbial source tracking validated on a comprehensive collection of animal gut and fecal waste microbiomes predstavlja pomemben del doktorskih raziskav Tanje in Lucije, ki sta skupaj s soavtorji predstavili MicrobiomePrime – prvo popolnoma avtomatizirano programsko rešitev za načrtovanje začetnih oligonukleotidov (angl. primer) za MST (angl. Microbial source tracking) neposredno iz amplikonskih sekvenc.
Rešitev je bila preizkušena na obsežnem naboru 953 živalskih in človeških fekalnih ter odpadnih vzorcev, ki zajemajo več kot 50 vrst sesalcev in ptic. MicrobiomePrime je iz teh podatkov ustvaril na tisoče kandidatnih primerjev za različne vire fekalnega onesnaženja, pri čemer je bilo 51 primerjev validiranih v laboratoriju. Med slednimi jih je kar 18 doseglo 100-odstotno specifičnost, kar potrjuje izjemno uporabnost nove rešitve pri razvoju zanesljivih MST označevalcev ter pomemben doprinos raziskovalnih skupin k napredku na področju kakovosti voda in javnega zdravja.
Povezava do članka: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0043135425018937?via%3Dihub
